Buenas:
Sé que no es lo mismo ni se parece, pero lo comento por si le sirve a alguien. Yo en un módulo de lectura de huellas, de esos baratos que se pasan por el editado la orden de backlight off, se me ocurrió controlar la alimentación por un pin de arduino y cual fue mi sorpresa que al quitarle la alimentación, el cacharro seguía iluminado, aunque con mucha menor intensidad. La solución pasó por detener simultaneamente que la orden de apagado del pin que alimentaba el vcc a través de un transistor, el puerto serial "virtual en mi caso" y seguidamente poner esos dos pines a nivel bajo. Así quedó totalmente a oscuras. Imagino que a ti te pasa algo parecido con tensiones que hay por los pines que van del arduino al lcd. No debería pasar, ya que en teoría el backlight es totalmente independiente, pero con 1 ó 2 euros que cuestan estos LCD, demasiado bien van.