Si descartamos problema de memoria y de "pisamiento" de puertos, te reitero que lo más probable es que sea problema de montaje. Ahí poco puedo aportar, pero a buen seguro que alguien te ayudará si expones tu montaje (cómo y cuánto estás alimentando y cómo acoplas los led y los botones). Podría ser por ejemplo que estés exigiendo demasiada corriente a tu arduino.