Fattibilità alimentazione arduino

Scusate se mi intrometto su un discorso gia' quasi risolto, ma ho un problemino con l'alimentazione che non capisco e questo e l'unico posto dove ho trovato delle considerazioni utili per la alimentazione di arduino.
Innanzi tutto mi volevo presentare , ciao a tutti, anche io sono un malato di elettronica amatoriale e come tanti di voi mi diletto a far danni e a fondere componenti.
Il mio progetto attuale consiste nel voler costruire 3 termoregolatori che funzionano indipendentemente .
Ogni sezione di termoregolazione ha una parte di comando (un encoder a 12 impulsi) ed una parte di visualizzazione(3 displey a 7 segmenti).
In uscita piloto dei rele' per il taglio hardware e dei rele' statici per il taglio diciamo sofware.
Vado a comandare delle resistenze elettriche che controllo con delle pt100
Naturalmente uso una mega visto il numero degli ingressi e delle uscite necessarie.
Il mio proplema si e' verificato quando ho finito la parte di elettronica e di software ed ho scollegato arduino dalla usb.
fino ad allora tutto cio' che andava a 5V era alimentato dalle uscite di arduino stesso.
nel momento che ho scollegato la usb pensavo di poter collegare sull'alimentazione un bel 12v e sfruttare lo stabilizzatore interno per tirare fuori i 5V.
Il fatto e' che da allora la temperatura della scheda e' andata alle stelle e, se scollego la alimentazione a 12V e ricollego la presa usb funziona senza scaldare. Questo non me lo spiego.
Se avete avuto dei problemi simili sareste cosi' gentili da dirmi come li avete risolti?
Grazie