Es gibt dort auch ein scheinbar aktives Forum, in dem es wohl auch ausführlich um Arduinos geht. Frag' dort nach - die haben bestimmt gute Einsteigertipps.
Hier wird beschreiben, dass mobifligt zum Upload seiner Firmware den avrdude aus der Arduino-IDE benutzt. Damit dürfte also letztendlich nichts anderes passieren, als wenn ein Sketch aus der IDE hochgeladen wird.
Kann natürlich sein, dass danach der Bootloader weg ist oder durch was mobiflight - spezifisches ersetzt wurde. (Oder dass ich mir diese Seite nicht genau genug angeschaut habe)
Im schlimmsten Fall brauchst du einen Programmer (oder einen zweiten Arduino), um den bootloader zu reparieren.
Oder du fragst/suchst im mobiflight Forum...
Nur weil hier die nettesten Leute sind, ist es nicht unbedingt das beste Forum für deine Frage