Fonte Arduino

terminais da mais ou menos 12v AC

Afinal isso nao corresponde ha imagem que postaste mas ok ...

Eu acabo usando a ponte de diodos 9 capacitor e o regulador de tensao certinho, medindo 9v DC na saida do transistor

Saida do Transistor? Queres dizer na saida do Regulador?
Se tens ligado isso como dizes o arduino tem de funcionar.
Ja verificaste se nao estas a colocar a alimentaçao com a polaridade errada?
Visto que por USB funciona será que acidentalmente nao destruiste o regulador SMD que existe na board do arduino?
Quando o alimentas aparecem os 5 V nos terminais de Power ?
Ja tentaste injectar a saida da tua fonte na entrada Vin localizada tambem nos terminais de Power?