Per primo dimenticati subito quel circuito. L'autore é uno che non conose l' elettronica.
Mancano le resistenze sui LED e LED IR. Cosí rischi di rompere l'Arduino. Metti su ciascun LED una resistenza da 220 Ohm.
Perché definisci il pin D1 come entrata e poi leggi il sensor sul pin A1? Evita di usare i pin D0 e D1 perché vengono usati per il colleamento seriale con il PC.
Hai messo i diodi nella direzione giusta? prova a vedere con la telecamnera di un cellulare se il LED IR TX si accende. Poi prendi una pila e illumini da vicino il LED IR RX.