Supongo que el rele debe tener una borna de conexion donde tu conectas los 5v que sacas del arduino y segun si el rele esta accionado o no,esos 5v te los devuelve por otra borna (comprueba con el tester).Esa entrada la conectas al pin que quieras usar ,que declaras como input y compruebas cuando esta a high.Siendo para hacer conteo ,lo mejor es que uses una interrupcion
http://arduino.cc/en/Reference/AttachInterrupt