d407336:
non capisco come usare quel codice, devo dichiarare le due funzioni prima del setup e poi richiamarle nel setup e poi usare analogWrite()?
Non capisco cosa non capisci 
Allora, abbiamo il codice per settare il timer 2, che è quello che ho messo nel post #5.
Lo devi richiamare 1 sola volta, mettilo dove vuoi: il suo posto naturale è nel setup, così com'è o tramite una funzione. L'importante è che lo richiami 1 solta volta.
Poi hai 2 pin dell'Arduino 3 e 11. Attivandoli con pinMode(OUTPUT) agganci il segnale PWM al pin. Manipolando i registri OC2A e OC2B, collegati al timer 2, cambi il duty cicle come ti ho detto.
sarebbe possibile portare la libreria timer1 sul timer2 con le dovute modifiche o è impossibile perchè il timer1 è a 16bit e il timer2 a 8bit?
Non so come funziona la Timer1, se cioè è legata indissolubilmente al timer 1 oppure no.
Andrebbe guardato il codice. O chiesto al suo autore.