Ti ringrazio molto per il codice e la spiegazione, anche se non riesco a capire molto (perchè non sò come funziona, non perchè è spiegato male :))...
Il codice posso farmelo provare con un'oscilloscopio, ma non ho capito se prima devo definire le due funzioni che hai scritto e poi mettere:
[code]
void setup(){
pinMode(11, OUTPUT);
analogWrite(11, 128);
}
void loop(){
}
Poi ho trovato anche questa libreria: Arduino Playground - HomePage
e questo tutorial: Gioblu.com is for sale | HugeDomains
Quindi inizio subito a leggerlo 
Edit:
ho provato la libreria e con due righe ho la frequenza che mi serve e in loop() posso cambiare il duty cycle come voglio (da 0 a 1023)
#include "TimerOne.h"
void setup(){
Timer1.initialize(40); // 40 microsecondi, cioe 1/25000
Timer1.pwm(9, 512);
}
void setup(){
}
solo non ho capito bene cosa fa la funzione attachInterrupt() di questa libreria...[/code]