Il primo dato da conoscere è la frequenza del micro, successivamente il prescaler del timer scelto e la sua risoluzione.
Con questi valori devi prendere la calcolatrice e trovare una combinazione che ti dia un overflow ogni x. Ovviamente questo x deve essere intero, non decimale. A questo punto imposti il timer in modalità contatore (quindi no PWM esterno) ed attivi un interrupt sull'overflow
Con il timer ad 8 bit dell'Atmega ed i suoi prescaler si possono avere overflow al millesimo di secondo. Ecco quindi ricreata la millis: ogni 1 ms il contatore va in overflow, l'interrupt lo intercetti con una ISR e dentro la ISR metti un semplicissimo millis++ 