Si, probbailmente vanno in conflitto sui Timer che usano ....
... guarda il file IRremote.h, all'inizio hai la possibilità di cambiare il Timer che usa :
// Arduino Duemilanove, Diecimila, LilyPad, Mini, Fio, etc
#else
//#define IR_USE_TIMER1 // tx = pin 9
#define IR_USE_TIMER2 // tx = pin 3
#endif
prova spostandolo su Timer1 ... 
Guglielmo