Ciao,
quello che chiedi tu è strutturato e dovresti lavorarci su due fronti:
- usando appunto php : in questo caso devi lavorare lato linux creando uno script php che fa le query del caso e il parsing delle GET/POST
- usando un framework js (jquery o meglio zepto http://zeptojs.com/)
Per la prima parte trovi un sacco di esempi in rete, ti basta cercare (e forse qualcosa hai già trovato) con San Google :P:
Per la parte invece di js, devi certamente guardarti gli esempi proposti nel sito Zepto e pure quelli che ha condiviso Matteo Loglio:
e puoi studiarti l'esempio Bridge: così capisci come passare dati alla parte ATMega usando delle URL.
E sicuramente gli esempi legati a Yun presenti su scuola.arduino.cc