Testato:
Calma, se non vuoi usarlo il .elf non usarlo, io sto' gentilmente mettendo al corrente di cose interessanti il forum, mi sa che sono cose abbastanza nuove anche per te visto che non ne hai mai parlato.
Non ci siamo capiti, il file .elf non è quello che tu dici, ho solo spiegato la realtà delle cose, che poi Atmel, arbitrariamente, lo chiama file di produzione è un altro paio di maniche, e comunque il produzione si va solo con i file .hex anche in ambiente Atmel, e questo te lo dice uno che ha un "minimo" di esperienza su come si arriva alla produzione di una scheda 
Per me non sono cose nuove, sono cose che conosco dalla notte dei tempi visto che è qualche decennio che programmo micro 
Non riesci nemmeno a capire le domande, se ti ho chiesto se avevi info certe sul supporto da parte di avrdude del .elf e' perche' io non ne ho trovate, e rispetto le tue competenze chiedendo a te.
Se poni le domande in modo sibillino è difficile capirle, non lo so se Avrdude supporta gli .elf, credo di no perché è inutile in quanto contengono tutta una serie di informazioni che non servono ai fini della programmazione finale del micro.
Avere il .elf gestito direttamente da Avrdude sarebbe la risposta ad esempio a Michele, che di certo non vuole installare roba che occupa Giga di memoria per caricare un misero file di 1K su un micro.
Scusa, cosa non ti è chiaro del concetto che il file .hex può contenere tutto, ovvero flash+eeprom+fuse ?
Ovvero ad avrdude dai in pasto il .hex complessivo e con una sola operazione programmi tutto, fuse inclusi (da verificare se avrdude può gestire i fuse da .hex)
Atmel Studio genera sia l'elf che l'hex, cosa contiene l'hex lo decidi dai parametri del progetto, puoi anche scegliere di avere due hex distinti, opzione di default, uno per la flash e uno per la eeprom, tipicamente .eep però è sempre un hex come formato, che crei tramite l'apposito editor per la eeprom integrato in Atmel Studio.