POr otro lado existe otra manera usado alguna interfaz mas de transición que es cuestión de buscarla
Te aclaro que como medio para grabarlo puedes usar ATMEL STUDIO es grande, el programa y hasta complejo pero tiene todo para los ATMEL (todos ellos).
Con la interfaz adecuada podras hacerlo.
Esta es otra alternativa, mira
Programador de AVRs de bajo costo
Vamos a suponer que no consigues un USB to RS232 entonces puedes usar un convertidor USB to TTL serial y entonces
Casi podrias presindir de los transitores a la izquierda y conectar directamente a PD0 y PD1 ya que son niveles TTL
Solo faltaria ver como alimentas el AT90S2313