Ganz einfach. Die serielle Übertragung ist langsam. Bei 9600 Baud (und mehr solltest du bei SoftwareSerial nicht verwenden) dauert ein Zeichen etwa 1ms! Du versuchst also Zeichen einzulesen die noch unterwegs sind.
Besser liest man daher bis zu einem Terminator ein. z.B. ein Linefeed oder Carriage Return. Den SerialMonitor kann man so einstellen, dass das immer mitgeschickt wird. Hier ist eine bessere Auslese-Routine, die auch auf die schlechten und ineffizienten String Objekte verzichtet:
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=228697
Da ist auch erklärt wie man bei C-Strings vergleicht. Das geht da nicht mit == !!
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=228697.msg1652396#msg1652396