32kB reicht für viele Programme aus. RAM ist eher ein Problem als Flash. Vor allem auf dem UNO. Flash wird erst problematisch wenn du zig Bibliotheken hast und vor allem bei TFTs mit mehreren Fonts.
Und selbst auf dem Mega kann es unter Umständen problematisch werden Programme größer als 64k oder 128k zu schreiben, da da im Hintergrund einige Tricks ablaufen, weil Zeiger auf einem 8 Bit Prozessor nur 16 Bit haben.
Um dein Programm zu strukturieren musst du die Aufgaben teilen und in getrennte Funktionen packen. Diese kann man dann in loop() aufrufen, bzw. Funktionen können wieder andere Funktionen aufrufen. Das ist aber im Prinzip auch nicht anders wie man Programme auf dem PC schreibt.