Se il tuo limite è solo nelle dimensioni del PCB prova ad usare DesignSpark (http://www.designspark.com/page/DesignSpark-PCB-Home-Page) ha 1000x1000 come dimensioni massime.
Un'altro utente del forum lo sta usando con soddisfazione. Non è Eagle ma credo ci si possa accontentare.
Non so se esita la possibilita di trasferire il PCB realizzato da un software all'altro. Nel caso dovresti rifarlo da capo.