dando un'occhiata al sorgente dell'IDE, si scopre che già tutto è settato per funzionare ricorsivamente, ma viene passato come parametro il fatto di non farlo, sia per la cartella sketch, sia per quella libraries...
allora le modifiche da fare sono (bisogna ricompilare l'IDE):
file ~/arduino-0022/app/src/processing/app/debug/Compiler.java
cambiare TUTTI i
findFilesInFolder(libraryFolder, "S", false),
findFilesInFolder(libraryFolder, "c", false),
findFilesInFolder(libraryFolder, "cpp", false),
in:
findFilesInFolder(libraryFolder, "S", true),
findFilesInFolder(libraryFolder, "c", true),
findFilesInFolder(libraryFolder, "cpp", true),
eliminare la parte riguardante la cartella utility, caso speciale della libreria Wires(che non sarà più caso speciale etc ma vabbè):
/*
includePaths.add(utilityFolder.getAbsolutePath());
[...]
outputFolder = new File(outputFolder, "utility");
createFolder(outputFolder);
objectFiles.addAll(
compileFiles(avrBasePath, outputFolder.getAbsolutePath(), includePaths,
findFilesInFolder(utilityFolder, "S", true),
findFilesInFolder(utilityFolder, "c", true),
findFilesInFolder(utilityFolder, "cpp", true),
boardPreferences));
// other libraries should not see this library's utility/ folder
//includePaths.remove(includePaths.size() - 1);
*/
ora c'è un piccolo problema: il codice soprastante che abbiamo eliminato faceva crede alla classe Wire che la classe twi fosse nella sua stessa cartella giocando con i path di output, cosa che ora non avviene più... quindi bisogna aprire il file Wire.cpp contenuto in ~/build/linux/work/libraries/Wire/ (io sono in linux, magari per windows o mac cambia il path) e modificare l'include di twi.h da
#include "twi.h"
a
#include "utility/twi.h"
Et voilà, ora il vostro IDE è in grado di compilare sottocatelle, sotto-sottocartelle etc... fate solo attenzione a non creare collegamenti a una cartella superiore, se non vi piacciono i loop infiniti 
edit: ho aperto una richiesta di miglioramento con questa soluzione su Google Code Archive - Long-term storage for Google Code Project Hosting., vediamo se me la accettano...