A ref ist immer massebezogen und du hast keine 2 Differenzeiengänge, wie bei den meisten AD-Wandlern (z.B. ICL7106).
Das kannst du per Software lösen. Entweder rausrechnen, oder 2. Analogeingang benutzen. Der Nachteil dabei ist freilich immer, das dir dabei Auflösung flöten geht, denn die 12 Bit vereitlen sich immer von Null bis A ref.
Wenn das stört, dann hilft nur einen Spezialisten, ein extra AD-Wandler IC zu bemühen.
Gruß Gerald