Bienvenido JHONYIII
Tu proyecto parece interesante pero no me queda claro lo del motor paso paso y la varilla ¿que quieres mover con ello?
Supongo que conoces este enlace: http://www.forotrenes.com/cms/
En el hay cantidad de personal recreando maquetas.
Por otro lado, tiene razon el compañero ADLC, un pelin caro.
Respecto a arduino, yo usaria un mega que te sale en ebay a unos 14 euros y te sobran salidas por todos los lados:
http://www.ebay.es/itm/1PCS-Arduino-Mega-2560-ATmega2560-16AU-Board-Free-USB-Cable-NEW-/120980869389?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item1c2b05910d
Tambien depende de lo que quieras recrear, si es solo para un movimiento de algo, el Vinciduino se las pinta solo, si quieres recrear medio CTC eso ya es otra cosa...
Un saludo