Salut Claudius 
Pour éclaircir 2-3 point, " Si en 5 ans, l'interfaçage d'un pic18 avec un ds1307 a été sans succès, il y a des questions à se poser quant à: "J'ai besoin d'un microcontrôleur robuste, presque industriel " (toujours dixit Stefox1 )..."
--> Cela ne fait pas 5 ans que j'essaie hein, je serai passé a autre chose depuis bien longtemps sinon. 
La carte a été réalisé en 2018 et absolument tout le schéma a été testé en long et en large et fonctionne parfaitement, cette carte est une carte de test et d'apprentissage, elle en a vu du code pendant 2 ans (ADC, TIMER, I2C, UART, EEPROM, I/O, ...) ^^ Cependant, c'était en C18 et parfois un peu d'assembleur et puis je suis passé a d'autres chose, donc cela fait 5 ans que je ne l'ai plus du tout utilisée (d'ou la precision d'un stockage niquel) et j'ai donc perdu beaucoup de notion en C18. Par conséquent, quitte a devoir pratiquement tout recommencer, je voulais apprendre en XC8 (plus récent, etretenu, ...) voila juste une volonté personnel ^^
Aujourd'hui, j'ai voulu faire un petit projet pour simplifier la vie dans une usine au gars qui est magazinier qui m'a parlé d'un souci qui l'embête. N'ayant programmmer qu'avec ces 2 pics, je suis donc naturellement revenu sur eux ^^
" Merci terwal pour ce lien qui montre que l'interfaçage d'un pic18 (Real time clock with PIC18F4550 and DS1307 RTC – CCS ) avec un ds1307 est réalisable comme avec la plupart des microcontrôleurs avec une interface I2C native ou pas"
--> Je ne dis pas que c'est impossible de réaliser ce programme, bien au contraire, je l'ai bien fait par le passé, je sais qu'il fonctionne, juste je sèche dessus aujourd'hui, je n'ai plus le niveau, j'ai beaucoup perdu. 
Pourquoi je ne prend pas un µC avec un RTC embarqué ? Car ma carte de test n'a pas été conçue de cette manière, je souhaite vraiment l'utiliser comme elle est faite 
Concernant le code founi, j'ai bien évidemment parcouru internet avant sur plusieurs sites différent sur une certaine période de temps, je n'ai pas l'habitude d'aller sur les forums crier au secours, c'est d'ailleurs la première fois que je fais ceci pour un projet, malheureusement, de nombreux code, dont celui-ci ne compile plus aujourd'hui et malgré avoir réussi a "mettre à jour" certains des programmes du net (Du moins, à le re-faire compiler), cela ne m'a pas encore donné un truc réelement fonctionnel, le souci est toujours le même, l'I2C. C'est dans cette problématique, que j'ai pris le temps de lire environ les 50 pages de la doc microchip sur l'I2C/SPI afin d'essayer de réaliser ma propre bibliothèque et nous voici aujourd'hui
Concernant Vbat non relié à la masse, effectivement, j'ai eu cette remarque sur un autre forum et en effet, c'est totalement vrai, la doc est clair dessus, c'est une erreur dans la conception de ma carte. Cependant, en pontant un fil, je n'ai jamais eu de différence quelconque, je pense pas que cela ai un réel impact d'autant plus que mon alimentation est stable et puis, comme je disais, cela fonctionnait encore niquel il y a 5 ans et sans cette masse oublié ^^
C'est pour cela, que je suis personnellement convaincu que le souci est le code et non la carte..