Io ho usato l'IDE anche su un Asus EEE con Ubuntu 9.10 (mi pare) sopra senza problemi.
Per interfacciare l'Arduino al sistema, devi conoscere un linguaggio di programmazione. Tempo fa feci delle prove con Gambas, un BASIC visuale in stile VB, senza problemi: spedivo per e ricevevo da Arduino senza problemi. Ma penso che qualunque altro linguaggio che permette di gestire la seriale non crei problemi, non ultimo Processing.