Io ho avuto quello shield e non mi dava noia durante la programmazione. Non so la disposizione dei pin del MEGA ma sulla UNO non vengono occupati i pin 0 e 1.
Lo shield ha un regolatore a 3,3V ma usa in combinazione con un buffer solo per accedere alle schede SD ma funziona a 5V per il resto dell'elettronica.
C'è da dire che quello shield deve essere autoassemblato. Non è che hai sbagliato qualche montaggio o qualche saldatura e c'è qualcosa che disturba la scheda sottostante?