Io ho avuto quello shield e non mi dava noia durante la programmazione. Non so la disposizione dei pin del MEGA ma sulla UNO non vengono occupati i pin 0 e 1.
Lo shield ha un regolatore a 3,3V ma usa in combinazione con un buffer solo per accedere alle schede SD ma funziona a 5V per il resto dell'elettronica.C'è da dire che quello shield deve essere autoassemblato. Non è che hai sbagliato qualche montaggio o qualche saldatura e c'è qualcosa che disturba la scheda sottostante?
Anche a me su Arduino UNO funzionava alla perfezione, mai dato nessun problema, ha iniziato a rompere da quando l'ho montato su Arduino Mega... cmq ho appena fatto una brutta scoperta... l'upload si pianta anche se lo eseguo senza lo shield montato =(