si puoi, dopo che avr-gcc viene chiamato "avrdude" che si occupa di caricare il file hex generato. Trovi un sacco di guide sull'argomento sia persone con esperienza anche sul forum italiano. Io per ora non ho mai usato un programmatore esterno
la filiera è questa:
editor in java -> codice c/c++
compilatore avr-gcc -> file hex
uppatore avrdude -> microcontrollore
edit: mi sa che sto diventando dislessico 
, spero che si capisca lo stesso