Grazie a tutti.
La guida l' avevo letta tutta prima di scrivere sul forum 
Ho scoperto il problema: il nuovo Atmel non ha i quarzi. Dovevo prima abilitare l' oscillatore interno (installando un quarzo) e poi programmarlo senza quarzo.
Quindi ho:
Messo un quarzo.
Caricato di nuovo il bootloader (dopo aver creato il mio Atmega328_standalone_internal_clock)
Reset
Caricato il mio sketch.
Pero' a questo punto sarebbe da segnalare a chi sviluppa l' IDE. Quell' errore mi ha tratto in inganno, doveva apparire una qualcosa tipo "The device is not responding, maybe non powered or non working (check power and crystal)