Le segnalazioni di errore provengono da avrdude, non dall'IDE di Arduino. avrdude è lo strumento che viene invocato da terminale per programmare fisicamente i micro.
Tornando al quarzo, se compri dei chip nuovi, come ha detto Menniti essi lavorano con l'oscillatore interno, però se hanno il bootloader precaricato essi sono invece impostati per lavorare col quarzo esterno quindi senza di esso non funzioneranno mai.