Me parece que lo que necesitas modificar se encuentra Configuration.h:
Lo primero seria añadir los extrusores que vas a utilizar
// This defines the number of extruders
// :[1, 2, 3, 4]
#define EXTRUDERS 1
Luego seria asignar los valores de del sensor de temperatura para los extrusores que vas a utilizar
#define TEMP_SENSOR_0 1
#define TEMP_SENSOR_1 0
#define TEMP_SENSOR_2 0
#define TEMP_SENSOR_3 0
#define TEMP_SENSOR_BED 0
Ademas también añadir en la sección de movimiento los valores de movimiento de los motores
/**
* Default Axis Steps Per Unit (steps/mm)
* Override with M92
* X, Y, Z, E0 [, E1[, E2[, E3]]]
*/
#define DEFAULT_AXIS_STEPS_PER_UNIT { 2560, 2560, 2560, 500 }
/**
* Default Max Feed Rate (mm/s)
* Override with M203
* X, Y, Z, E0 [, E1[, E2[, E3]]]
*/
#define DEFAULT_MAX_FEEDRATE { 200, 200, 5, 25 }
/**
* Default Max Acceleration (change/s) change = mm/s
* (Maximum start speed for accelerated moves)
* Override with M201
* X, Y, Z, E0 [, E1[, E2[, E3]]]
*/
#define DEFAULT_MAX_ACCELERATION { 3000, 3000, 100, 10000 }
Para cambiar de extrusores no estoy muy seguro que a la hora de imprimir se debe definir el extrusor que se va utilizar para cada color, no encuentro en que parte se debe modificar para que al mandar el gcode la maquina deje el extrusor en un puto muerto y que se dirija al siguiente punto muerto para agarra el otro extrusor, la configuración en el marlin la e visto y esta desactivada para realizar esas funciones, si la encuentro ya le añado a este comentario.