Exactamente asi esta configurado, con resistencia pull-up, pero ya aclare que el codigo esta perfecto ya realice pruebas en un protobard y registra sin problemas y cero falsa interrucion.
Considero que el problema esta en un codigo de envio de datos que le agregue o quizas en la PCB alguna interferencia pero dudo que un mosfet o un dispositivo inalambrico sea capaz de generar falsas interrupciones pero no lo descarto y la primera prueba que hice con el booleano tan solo ocurrieron de 1 a 2 falsas interrupciones en unos 4 registros de un total de 288 registros como se ve en el archivo .txt
Estoy haciendo otra prueba con bandera iniciada en true y solo deje el booleano con (minute()%5)==0, tambien agregue lo de limpiar interrupciones pendientes antes de volver a activar las interrupciones, ya en pocas horas verifico si esta registrando sin falsa interrupcion. Pero ya se puede dar por concluido el inconveniente en la memoria SD con la perdida de lineas y las falsas interrupciones, ya que estan siendo ocasionadas por el codigo de comunicacion o la PCB.