@qsecofr: ovviamente atmelstudio ignora cosa sia arduino e le sue librerie (tranne che per il due dove nell'ultima versione c'è un template), per lui esiste il micro atmega328, la libreria libc, i programmatori ufficiali Atmel, etc.. devi quindi compilare e caricare con qualche altro tool o con avrdude il file .hex generato su arduino. Non è semplice come con l'ambiente di Arduino, se sei agli inizi lascia perdere.
Ciao