Tu écrases le fichier à chaque ouverture.
Si tu veux ajouter une ligne dans le fichier il faut l'ouvrir en append :
myFile = SD.open("test.txt", O_RDWR | O_APPEND);
Une simplification (pas urgent ni vital) :
// ***** code existant *****
// dans setup() :
pinMode(pinRelayPump, OUTPUT); // utilise A3 comme sortie digitale
// ensuite dans stopPump() et startPump()
// tu utilises A3 comme sortie PWM (ça fonctionne mais il y a plus simple)
analogWrite(pinRelayPump, relayOff);
analogWrite(pinRelayPump, relayOn);
// ***** code corrigé *****
// utilise A3 comme sortie digitale
digitalWrite(pinRelayPump, LOW);
digitalWrite(pinRelayPump, HIGH);