Stai installando l'IDE da dove? Dal repo di Ubuntu?
Ti consiglio di NON usare la versione allegata al repo ma di scaricarti la versione precompilata a 64 bit per Linux:
http://arduino.googlecode.com/files/arduino-1.0.5-linux64.tgz
Devi solo decomprimere e avviare il programma.
Ah, aiutati con queste pagine:
http://playground.arduino.cc/Learning/Linux