Salve,
volevo sapere se è possibile attraverso una gui e il suo relativo software scritto in C comandare in tempo reale arduino..
Grazie delle possibili risposte..
Si, non ci sono problemi, semplicemente programmi il tuo software in C in modo da mandare e ricevere comandi tramite la seriale (leggi Arduino-serial: C code to talk to Arduino – todbot blog) e usa su Serial.Read() e Serial.available() Serial.Write() su Arduino per attendere e per mandare i vari messaggi, un pochi di switch e if e comandi arduino come ti pare. Dai un occhiata su Arduino->Playground e hai una panoramica di tutti i software e i linguaggi già testati per interagire con arduino (consiglio Processing per le capacità grafiche).
Ok grazie 
Per caso sai se arduino è già stato usato nella domotica? Vorrei scrivermi una applicazione per il cotnrollo remoto di apparati in seriale, ir e relay..
magari non propio arduino, ma sicuramente utilizzano microcontrollori simili per la domotica, Arduino non è altro che un microcontrollore montato su una scheda e preparato in modo da poter essere utilizzato da tutti in maniera semplice e diretta; in domotica magari utilizzano qualcosa di più piccolo, in smd, magari con microcontrollori divers, ad esempio PIC, dipende dall'uso,dalla sua posizione nello spazio della casa,da quanto può consumare etc.
Non vedo perchè non potrebbe essere utilizzato nella domotica,puoi collegarlo ad un display lcd, a dei pulsanti, a dei relay, a degli infrarossi, a degli ultrasuoni, sensori termici, sensori di luce,per accendere e spegnere apparecchi collegati alla rete di casa(220V), puoi farci insomma quello che vuoi basta un pò di fantasia 