Interrupción, o condición

Quiero programar para que a la actuación sobre botón, se derive a subrutina que grabe en eeprom unos datos y luego continúe el programa principal.

¿Es mejor una interrupción o insertar un condicional en la rutina principal?

Olvida de hacerlo dentro de una interrupción.
No hay necesidad de usar una interrupción para lo que propones.
EEPROM.write EEPROM.put es una operación que demora mseg y no es compatible con el concepto de una interrupción.
SI podrias usar una interrupción, levantar un flag y con ello actuar sobre la grabación de la EEPROM pero para eso de nuevo, no hace falta la interrupcion.

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Depende de varios factores, te doy solo dos escenarios.
Si el programa es lo suficientemente rápido como para que las posibilidades de perder una pulsación sean mínimas, lo pondría en el loop().
Si tuviese la certeza que los datos que quiero grabar no pueden cambiar justo cuando hago la pulsación, y el código fuese un poco "lento", lo manejaría con una interrupción.

Saludos

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