Pues viendo que intentando actualizar cada 0.5us obtienes un ciclo de 20us, tal vez deberías comenzar con ciclo entre 20 y 50 us si lo quieres hacer con interrupciones, es decir 0,2 a 0,5 mhz.
Si quieres puedes poner tu código a ver si se puede "limar" algo.
Saludos.