Si fueras más al grano y dijeras realmente qué es lo que quieres hacer, podríamos dar en el clavo en una menor cantidad de respuestas.
Pues me gustaría poder progamar las ISR de las distintas interrupciones. No la parte en la que modificas unos registros para habilitarlas y configurarlas sino poder escribir en la IDE el "void blablabla" que corresponda al vector que establece el micro para cada interrupción o la manera de indicar que las instrucciones que estás programando deben estar localizadas en en la dirección de programa que necesitas :
(captura sacada de la documentación del ATmega328
y bueno muchas gracias por la respuesta, si tengo dudas más concretas te tomo la palabra y te pregunto