Uhm...perfetto, sei stato molto chiaro, ora capisco meglio come funziona, erano questioni che mi ponevo da un po' di tempo.
Il problema è che bisogna capire se è possibile accomunare il funzionamento di quella ISR con gli interrupt generati da HardwareSerial. Da quello che si evince devo far si che l'esecuzione della ISR relativa ai PWM venga eseguita il più velocemente possibile, così che ci siano meno possibilità che gli interrupt generati dalla trasmissione/ricezione seriale vengano "scartati" o eseguiti in ritardo a causa dell'esecuzione prolungata della ISR.
Ho fatto un po' di test ma non ho avuto grossi problemi... la ricezione/trasmissione seriale avviene con successo, l'ho testata con una baudrate di 115200, mentre i segnali pwm vengono generati. Invio dei caratteri alla scheda, da cui me li faccio reinviare.
Per i segnali è un po' difficile fare dei test, perchè la frequenza è troppo alta ed è impossibile analizzare gli errori del segnale con un semplice oscilloscopio...