Il tutto è scritto nel datasheet del 328 ma anche nelle AN (application note) che trovi sul sito di Atmel.
Quella ISR fa parte di uno dei timer del 328. I timer sono contatori che ricevono il clock di conteggio da: no source, presceler o da esterno pin T0 o T1.
Il prescaler è un'oscillatore libero connesso al clock di sistema (quarzo o oscillatore RC) con tante uscite per divisione (es clock/1, clock/8, clk/64 ecc)
Il timer ad 8 bit andrà in overflow al successivo impulso di clock solo quando tutti i suoi bit sono impostati ad 1. Se si abilità l'interrupt su overflow verra eseguito il salto alla ISR.
Nota che il timer ha molte modalità di funzionamento e riuscire a gestirlo non è cosa semplice, di fatti ho scritto da qualche parte che "il timer è un gatto a nove code".
A proposito il 1284 ha quattro timer 2 a 8 bit e 2 a 16 bit, mentre i prescaler sono 2 proprio come il 328.
Ciao.