Ciao,
con quale protocollo invii i dati?
Se utilizzi TCP se invii i dati utilizzando il protocollo TCP non credo dovresti aver, in genere, problemi. TCP (Transmission Control Protocol), che si occupa del controllo della trasmissione dei dati (il protocollo IP e quelli di livello inferiore non lo fanno), e' pensato per garantire la trasmissione dei dati anche in presenza di problemi sulla rete.
I suoi timeout non sono fissi, ma sono variabili in funzione dello stato della rete ed i parametri di configurazione base.
In genere i timeout dei protocolli che sono sopra il TCP, ad esempio, HTTP sono piuttosto lunghi, per cui in genere non si hanno problemi.
Per quanto riguarda la trasmissione dei dati via SPI da ATmega a chip W5100 penso che non dovrebbero eserci problemi perche' finche' il pin /SS e' low si sara' in trasmissione dati.
Puoi fare dei test ad esempio utilizzando Wireshark (analizzatore di protocollo open source, un tempo denominato Ethereal) per monitorare il tutto.
Ciao,
Marco.