La delay e la millis non sono le uniche soluzioni con cui posso "perdere tempo", sarebbe sufficiente un for che incrementi un certo numero di volte una variabile, e a seconda della frequenza di funzionamento e dal ritardo che voglio ottenere cambio il valore fino al quale il for dovrebbe contare.
Ho già gestito cose del genere con i Pic Micro, e ho sempre filtrato gli spike di un pulsante con un ritardo di circa 10/20ms all'interno della funzione che l'interrupt richiamava, quindi non vedo problemi nell'interrupt.
Io stavo gentilmente chiedendo tutt'altro, cioè se un'interrupt (qualunque esso sia), e nel peggiore dei casi, possa dar fastidio alla comunicazione via Ethernet, e il punto nevralgico mi sembrava il momento in cui arduino istruisce lo wiznet sul da farsi...