Interrupts sind für sowas langsames völliger Unsinn.
Verwende einfach millis() und frag ab ob die Zeit verstrichen ist:
Auf dem Arduino läuft auf Timer0 schon ein Zähler den man man mit millis() abfragen kann. Also braucht man keinen zweiten Timer. Sowas macht man nur wenn etwas sehr schnell und/oder regelmäßig gehen soll. Deine Zeit ist aber extrem lange und außerdem ist es egal ob das mal ein paar µs oder ms früher oder später geschieht.