Il modulo GSM lo controlli tramite comandi AT che invii sulla porta seriale, va bene un convertitore USB-TTL qualunque, il tuo modulo audio mi pare sia controllabile tramite I2C, esistono adattatori USB-I2C quindi il problema non si pone, il software lato pc lo puoi realizzare con un qualunque linguaggio di tua scelta.
Per l'uso tramite PC potresti usare una Leonardo/Teensy che ti consente di comunicare tramite USB col pc e avere sia la seriale che l'I2C disponibili per dialogare con i due moduli, alla fine ti costa meno dei adattatori USB, inoltre puoi utilizzare le relative librerie rendendo molto più semplice la gestione da lato PC visto che ti basterebbe inviare una stringa che contiene il numero di telefono da chiamare e il numero del messaggio audio da inviare.
Il discorso password tramite DTMF dovrebbe essere gestibile tramite un ingresso analogico di Arduino, se non mi ricordo male c'è una libreria pronta realizzata da un utente.