Sowie ich das sehe ich das alles schon vorgesehen. Schau mal in IRremoteInt.h
// Arduino Mega
#if defined(__AVR_ATmega1280__) || defined(__AVR_ATmega2560__)
//#define IR_USE_TIMER1 // tx = pin 11
#define IR_USE_TIMER2 // tx = pin 9
//#define IR_USE_TIMER3 // tx = pin 5
//#define IR_USE_TIMER4 // tx = pin 6
//#define IR_USE_TIMER5 // tx = pin 46
Du kannst da problemlos Timer3, 4 oder 5 verwenden