Oh ... un utente mi ha fatto scoprire una cosa nuova che in tanti anni non avevo mai provato (... tanto sono abituato a lavorare con i programmatori su ISP) ... non solo la scrittura del codice è fattibile via USB con avrdude (quello che fa l'IDE), ma il protocollo "arduino" supporta anche la lettura, come qualsiasi programmatore ... ne ho scritto QUI ringraziando l'utente di avermi fatto scoprire una cosa nuova.
In effetti, ora che ci penso bene ... quando da IDE noi chiediamo la "verifica" del programma, l'IDE lancia prima la scrittura in flash e poi fa la verifica che la scrittura sia avvenuta correttamente, quindi ... era ovvio che la cosa era fattibile solo che ... l'abitudine ad usare programmatori esterni su ICSP non mi ha fatto notare la cosa ed ero convinto che il recupero della flash fosse possibile, appunto, solo via ICSP... 
Guglielmo