Je ne vois pas pourquoi le moteur continuerait à tourner du fait de l'interruption. Il va s'arrêter quand tu lui demande de s’arrêter.
Par contre ta gestion d'it est trop simpliste, elle ne prend pas en compte le sens.
Aussi je ne vois pas l'intérêt de ça: if (_EncoderTicks > 32766) ...