La détection de la rotation dans les deux sens de l'encodeur fonctionne correctement.
Effectivement, comme ça plus aucun doute sur l'origine du coupable... Je n'ai même pas eu besoin de débrancher le LCD,
Bon ben je vais tâcher de m'imprégner de la méthode de fonctionnement sous interruptions! 
C'est comme delay() et timers... delay() c'était trop beau et simple pour être vrais... 