Ik heb geen idee over het doosje waar je dat in wil bouwen.
Maar je zult zo'n doosje moeten aanpassen zodat je je USB aansluiting beschikbaar maakt.
Dat kan ook geen kwaad zolang je zorgt dat je het ding binnen en dus droog houd.
Ik zou dat pas doen als alles werkt en je er niet meer dagelijks aan hoeft te friemelen.
Tot die tijd kun je ze gewoon aan elkaar prikken lijkt me.
Wanneer je dan uiteindelijk gaat inbouwen, kun je inderdaad met wat draden de verbinding "verlengen".
Dat kan gewoon met mannteje-mannetje die je al hebt, want de Arduino zelf heeft er een haakse verloop inzitten (volgens de foto's), en die kun je er gewoon uithalen.
Je kunt dan eventueel je serieel boardje kwijt boven de SD kaart aansluiting, bijvoorbeeld met dikke dubbelzijdige tape.
Dikke omdat je daarmee gelijk voorkomt dat de soldeerverbindingen ongewenst contact maken tussen de verschillende boardjes.
Omdat je USB serial boardje ook een ICSP connector heeft, kan (zal) die wel hoger uitkomen dan de overige componenten.
Wellicht kun je die connector eruit halen (vereist iets meer dan beginners soldeerkunst) of de pinnetjes korter knippen als je m daarmee in je kastje kwijt kunt.