Hi,
El Vin es para supplir voltaje al Arduino. Si miras el schematico de Arduino UNO veras que lo que estas haciendo is haciendo un bypass a diodo que se usa para evitar que connectes voltajes negativo al Arduino. en otras palabras estas usando el voltaje de entrada al jack. Lo ideal seria que conectaras el voltaje del L298 directamente a la entrada del voltaje que va al jack. Esto seria lo mas seguro pues un error podrias mandar un voltaje negativo por Vin y danar el Arduino.