Merci pour vos réponse! 
J'ai maintenant quelques pistes à explorer 
Si je résume :
- map prend du temps
- Essayer de lire le joystick qu'une fois de temps en temps
- Essayer de le remplacer par un calcule
- Déclenchement manuel (registres)
- Bibliothéque digitalWriteFast/digitalreadfast
Il n'y a plus qu'à!
Le joystick contrôlera un plateau sous la lentille du microscope, sur axe X et Y. Le joystick a fond, fera tourner le moteur à fond en continue (je n'ai pas besoin de la vitesse maximum du moteur), jusqu'à relâchement du joystick ou arrivé contre le fin de course. J'ai besoin que la vitesse sois progressive, dans le sens où plus on appuie sur le joystick, plus le moteur tourne vite.
Merci pour vos réponse, je vais explorer tous ça!