Lesetipp: c't - Arduino im AVR-Studio programmieren

  1. Nochmal zur Wiederholung: es gibt keinen "Arduino" Bootloader. Arduino verwendet einen Bootloader.
  2. Warum sollte das nicht gehen? Den IDEs sollte es doch egal sein mit was sie reden solange die Gegenseite das Protokoll einhält. Ich hab's zwar nicht probiert, ich würde mich aber sehr wundern wenn es nicht gehen würde. Die Frage ist nicht "ob" sondern "wie".